設施農業是農村農業生產的重要組成部分，隨著農業現代化水平不斷提升，設施農業生產日益增多。因此，對于設施農業用地空間的管制需要更加嚴格的制度和政策保障。
2007年，國土資源部、農業部《關于促進規模化畜禽養殖有關用地政策的通知》（國土資發〔2007〕220號）指出，畜禽舍等生產設施及綠化隔離帶用地，按照農用地管理，不需辦理農用地轉用審批手續；管理和生活用房、疫病防控設施、飼料儲藏用房、硬化道路等附屬設施，屬于永久性建（構）筑物，其用地比照農村集體建設用地管理，需依法辦理農用地轉用審批手續，規模化畜禽養殖用地禁止占用基本農田。
2010年，國土資源部、農業部發布《關于完善設施農用地管理有關問題的通知》（國土資發〔2010〕155號）首次提出了設施農業用地分為生產設施用地、附屬設施用地兩大類，明確了相應的用地范圍及標準、嚴禁占用基本農田規定，確定了設施農業用地由縣級國土部門和農業部門負責備案。
2014年，國土資源部 農業部發布《關于進一步支持設施農業健康發展的通知》（國土資發〔2014〕127號），將設施農業用地分為生產設施用地、附屬設施用地、配套設施用地，明確提出對于平原地區從事規模化糧食生產涉及的配套設施建設，選址確實難以安排在其他地類上、無法避開基本農田的，經縣級國土資源主管部門會同農業部門組織論證確需占用的，可占用基本農田。
2019年，自然資源部 農業農村部《關于設施農業用地管理有關問題的通知》（自然資規〔2019〕4號，以下簡稱4號文）明確指出，設施農業用地種植設施不破壞耕地耕作層的，可以使用永久基本農田，不需補劃；破壞耕地耕作層，但由于位置關系難以避讓永久基本農田的，允許使用永久基本農田但必須補劃。養殖設施原則上不得使用永久基本農田，涉及少量永久基本農田確實難以避讓的，允許使用但必須補劃。
2020年，自然資源部辦公廳《關于設施農業用地上圖入庫有關事項的通知》（自然資辦函〔2020〕1328號）明確要求，自然資規〔2019〕4號文件出臺后新建或在建的設施農業用地，原則上在2020年底前全部在設施農業用地監管系統上圖入庫；4號文件出臺前已建的設施農業用地，原則上在2021年6月30日前全部上圖入庫。
2021年，自然資源部 農業農村部 國家林業和草原局《關于嚴格耕地用地管制有關問題的通知》（自然資發〔2021〕166號，以下簡稱166號文）明確：嚴禁新增占用永久基本農田建設畜禽養殖設施、水產養殖設施和破壞耕作層的種植業設施。自文件發布后，原則上新上的設施農業用地將不能再使用永久基本農田。
文件要求：縣級自然資源、農業農村主管部門、鄉鎮政府要將設施農業用地納入日常監督檢查范圍，形成聯動工作機制；市級自然資源、農業農村主管部門負責設施農業用地使用情況核查，對發現的違法違規行為，督促縣（市、區）依法依規整改；省自然資源、農業農村主管部門負責通過各種技術手段進行設施農業用地監管，不定期組織開展核查；各市自然資源和農業農村主管部門可結合地方實際，進一步明確保障措施和具體實施要求，細化操作辦法，規范設施農業用地管理。
